مسعود رجوی در تاریخ 57/11/24 مجدداً موجودیت گروهک منافقین را با تأکید بر این موضوع که بر همان مبانی و اصول اولیه سازمان که حنیف‌نژاد بنیان آن‌را پی­ریزی نموده (هرگونه ضدیت با مبانی و اصول اسلام در اوایل انقلاب مساوی با طرد آن جریان از سوی مردم مسلمان ایران بود) باقی خواهیم ماند، اعلام و در ظاهر در مسیر نیروهای مردمی و انقلاب به رهبری امام خمینی(ره) فعالیت­های خود را آغاز نمود ولیکن عملاً هرگز منطبق با اصول مندرج در اساسنامه آن سازمان که ناشی از ضعف اعتقادی و تفکرات التقاطی رهبران منافقین نفاق بود حرکت نکرد و این تفکر التقاطی از همان ابتدا یکی از دلایل انحراف سران نفاق و جبهه­گیری‌های آنان در مقابل مسئولین نظام بود.

در آغاز انقلاب، گروهک نفاق توانست با توجه به یدک کشیدن عنوان اسلامی و فعالیت­های هدفدار و تشکیلاتی نسبت به سایر گروه‌ها، ضمن کار تبلیغاتی وسیع در دانشگاه­ها و مدارس، جوانان زیادی را که در اوج احساسات و تحولات روانی بوده و هر حرکت به ظاهر مثبت را صادقانه جواب می­دادند، به سوی خود جذب کند. در طول دوران انقلاب نیز شاهد بوده‌ایم که عنکبوت­وار با تنیدن تارهای اسارت و خراب کردن پل­های بازگشت تعدادی از جوانان ناآگاه را مورد استثمار خود قرار داده، بازگشت به دامان اسلام و مردم شهیدپرور را برای آنان غیرممکن نمودند. شعار مبارزه با امپریالیسم و در رأس آن امریکا با توجه به اینکه تقریباً همه نیروهای جامعه از مبارزات ضد امپریالیستی حمایت می­کردند، اصلی­ترین حرکت در سیاست­گذاری سازمان مطرح گردید، اما خیلی زود تضاد سازمان با رهبری انقلاب آشکار گردید.

از آنجا که سازمان مدعی بود، اعتقاداتش را بر مبنای احکام اسلام قرارداده، قاعدتاً می‌بایست از رهبری فقهی و مذهبی قوی نیز برخوردار باشد، ولیکن در این زمینه شدیداً دچار ضعف و تناقض بود. نپذیرفتن فردی اصلح در این زمینه و تبعیت نکردن از رهبری انقلاب از همان آغاز باعث بروز شکاف در بین سازمان فوق و مردم گردید. در این میان، آنان که عمیقاً رهبری را قبول داشتند، از سازمان کناره­گیری نمودند. رهبران منافقین بعد از اینکه عملاً در تضاد رهبری انقلاب قرار گرفتند، برای اینکه ظاهر اعتقادی، میهنی تشکیلات خود را حفظ کنند، به سمت مرحوم آیت­الله طالقانی روی آورده و سعی نمودند در این زمینه از این شخصیت مذهبی و سیاسی به‌نفع خود بهره­برداری کنند.

رهبران نفاق، ساده­لوحانه مدعی بودند که حرکت­های ایذائی آن سازمان و نیروهای وابسته به آن، در قبل از انقلاب بوده که منجر به پیدایش حرکت عظیم مردم انقلابی و نهایتاً سرنگونی رژیم شاه شده است. به همین انگیزه خواستار دریافت سهم خود از قدرت گردیدند، آنان غافل بودند که اصولاً تقسیم قدرتی در بین نیست و مسئولین نظام قبل از اینکه بر مردم ریاست داشته باشند بنا به فرمایش رهبر فقید انقلاب، خدمتگزار مردم مسلمان ایران هستند، آنان هرگز نتوانستند و یا نخواستند درک کنند که ظهور یک انقلاب با این گستردگی علیه نظام شاهنشاهی 2500 ساله که پشتیبانی سیاسی، تبلیغاتی، نظامی و… قدرت­های استکباری آن زمان را یدک می‌کشید، نمی‌تواند نشأت­گرفته از چند حرکت محدود و وابسته به یک گروه کوچک زیرزمینی و آن هم گروهی که در سال 1354 عملاً متلاشی گردیده بود باشد.

آنان این حقیقت را نپذیرفتند که امام خمینی(ره) با شخصیت والای خود، قدرت رهبری، شجاعت، دید عمیق، ایمان به خداوند، اخلاص در عمل، سوابق درخشان مبارزاتی، انقلاب را رهبری نمود و با احیاء ارزش­های اصیل اسلامی، اعتقادی، ملی و ترسیم افق و آینده­ای که در شأن شخصیت مردم و جوانان ایران بود، این سیل عظیم و توفنده را به حرکت واداشت و در اندک زمانی طومار رژیم شاهنشاهی را درهم کوبید.

مسعود رجوی در سخنرانی که در10 بهمن­ماه 1358 در دانشگاه تهران ایراد نمود، مخالفت خود را با رهبران انقلاب اسلامی تلویحاً اظهار و در واقع از همان زمان سعی نمود که با خواسته مردم مبنی بر برقراری نظام جمهوری اسلامی مبتنی بر اصول اسلامی به مخالفت برخیزد و مبارزات مردم ایران را یک انقلاب دموکراتیک نامید. از همین زمان و در پی روشنگری‌های که در رابطه با مواضع ایدئولوژی التقاطی منافقین صورت گرفت، به تدریج سران منافقین از انقلاب و مردم فاصله گرفته و توطئه­های گوناگون را به منظور تضعیف نظام نوپای ج.ا.ا و دلسرد نمودن مردم از اهداف انقلاب و ایجاد فاصله بین مردم و مسئولین علیه نظام مقدس ج.ا.ا طرح­ریزی و اجرا نمودند.

در پاسخ به این توطئه‌ها بود که سه ماه قبل از اشغال لانه جاسوسی، نیروهای حزب­الله به منظور مقابله با توطئه­های منافقین دفتر مرکزی آن سازمان واقع در خیابان ولی­عصر تهران را به اشغال خود درآورده و انتشار نشریه مجاهد به دستور دادستان کل ممنوع گردید.

در سال 1359 مسعود رجوی خود را کاندید مقام ریاست جمهوری نمود، لیکن نظر به اینکه نامبرده در انتخابات قانون اساسی مورخه 58/1/12 شرکت نکرده بود و به قانون اساسی مورد تأیید اکثریت قاطع مردم (حدود 98درصد) رأی نداده بود، فاقد صلاحیت جهت احراز پست مذکور شناخته شد و تقاضای نامبرده از طرف وزارت کشور باطل اعلام گردید. این اقدام رجوی یک حرکت مفتضح دیگر بود. وی عملاً نظر خود را در مورد قانون اساسی که در رأس آن ولایت قرار داشت تغییر ‌‌داد.

منافقین زمانی که دریافتند قادر به رویارویی با رهبر انقلاب و خیل رهروان بنیانگذار ج.ا.ا نیستند، در ابتدا به منظور تضعیف موقعیت رهبری، منافقانه سعی نمودند که خود را به بازرگان و دولت لیبرال او نزدیک کنند و از اختلاف نظرات آن زمان بین سران ج.ا.ا و دولت موقت به نفع خود بهره‌گیری نمایند. با آغاز جنگ تحمیلی هشت ساله عراق علیه ایران (59/6/31) در ابتدا منافقین، عراق را به خاطر تهاجمش به ایران محکوم و تعدادی از نیروهای خود را به ‌منظور مقابله با ارتش عراق به مناطق عملیاتی اعزام نمودند، ولی چند روز بعد، افراد فوق موظف شدند تا تحت عنوان ارائه گزارش تشکیلاتی، به جمع­آوری اطلاعات در مورد نیروهای موجود در جبهه و نقاط ضعف و قوت و توانایی­ها و امکانات لجستیکی نیروهای ایرانی بپردازند. نیروهای فوق از اینکه در مقام مقابله با تهاجم عراق برآیند، سعی در انجام تبلیغات سیاسی به نفع سازمان خود در جبهه­ ها داشتند. در آغاز جنگ تحمیلی و هجوم مشکلات ناشی از آن و مشکلاتی که در زمینه اسکان مهاجران جنگ تحمیلی وجود داشت، منافقین با تحلیل‌های متعدد و بی­پایه خود وانمود می­نمودند که سران نظام با بی‌توجهی به قوانین حاکم بر مناسبات خارجی، آتش جنگ را برافروختند و مسبب کلیه نابسامانی‌ها و آوارگی­های مردم هستند و سعی نمودند، موضع­گیری‌های قاطع رهبری را در خصوص تنبیه متجاوز ضعیف و محکوم کنند و این همه در شرایطی بود که جهان شاهد اقدام صدام حسین در خصوص لغو یک جانبه قرارداد 1975 الجزایر بود.