منافقین پس از پیروزی انقلاب اسلامی نیز خود را پیرو امام خمینی (ره) قلمداد نموده و رجوی در بهمن­ ماه 1358 رسماً اعلام نمود ما فکر می‌کنیم که تا وقتی امام خمینی­(ره) در بین ما هستند، امپریالیست­ها جرأت کودتا یا هرگونه توطئه دیگر علیه ج.ا.ا را ندارند.

منافقین در شرایط سخت آن ایام درصدد بودند با بهره­گیری از مشکلات ناشی از جنگ موقعیت خود را تثبیت و نسبت به سست نمودن پایه­های نظام ج.ا.ا اقدام نمایند و در فضای سیاسی آن زمان، در صدد توسعه ارتش نیمه وقت خود (میلیشیا) با بهانه مقابله با توطئه­ های بیگانگان در داخل کشور و دفاع از مرزها برآمدند. اما واقعیت این بود که منافقین با ایجاد ارتش و بهره‌مندی از تسلیحات در سطح وسیع سعی داشتند، زمینه به دست‌گیری قدرت را با پشتوانه یک ارتش مسلح به مرور فراهم سازند.

تلاش­های عوام­ فریبانه منافقین تا سال 1360 به منظور جلب پشتیبانی مردم و به ویژه جذب جوانان به گروهک مزبور ادامه داشت که متأسفانه با توجه به ضعف آگاهی­ های آن روز مردم تعدادی از جوانان ناآشنا به اصول و مبانی اسلام با حربه­های گوناگون (از جمله توسط زنان و دختران جوان عضو آن گروهک) در دام منافقین گرفتار شده و در اقصی نقاط کشور، از جمله در کردستان، مشغول فراگیری آموزش­های سیاسی و نظامی شدند.

توطئه منافقین مبنی بر طرح­ریزی یک کودتای خزنده علیه انقلاب، پس از مدتی کشف و با هوشیاری رهبری انقلاب و ملت مسلمان ایران نقش بر آب شد و از آن پس در شرایطی که کمتر از 3 سال از پیروزی انقلاب می‌گذشت و کشور درگیر یک جنگ تمام عیار بود، خیابان­ها و کوچه­ ها صحنه درگیری­های داخلی، خونریزی، کشتار و ترورهای کور منافقین شد و در این کشتارها، سران نفاق کار را به آنجا رسانیدند که بعد از اینکه از ترور تعدادی از مسئولین نظام در هفتم تیرماه و هشتم شهریور 60 سود چندانی نبردند، تحت عنوان راهبرد نابودی سرانگشتان اختناق و خط انتحار، به عوامل ناآگاه خود دستور ترور مردم کوچه و بازار را ابلاغ نمودند تا به زعم خود مردم را از پشتیبانی نظام نوپای اسلامی بازدارند.

مورخه 60/3/30 مسعود رجوی، مقاومت مسلحانه علیه نظام را با این استدلال که رژیم ج.ا.ا پوسیده و در حال سقوط است و زمان سرنگونی آن فرا رسیده، تحت عنوان (انقلاب نوین دموکراتیک) اعلام نمود که بلافاصله با پیام امام خمینی(ره) مردم حزب­الله و دوستان انقلاب اسلامی، به مقابله با شرارت­های منافقین برخاستند و در مدت زمان کوتاهی کلیه نیروهای فریب خورده آنان در اغلب شهرهای ایران سرکوب شد. در همین رابطه تعداد زیادی از نیروها و هواداران منافقین دستگیر شدند و مابقی که مشخصاً نیروهای اصلی سازمان بودند و قبلاً پیش­بینی­های لازم را برای خود به عمل آورده بودند، به مخفیگاه­ های زیر زمینی خزیده و فعالیت پنهانی خود را از همان زمان آغاز نمودند.

در جریان تعقیب این عناصر فراری در مورخه 60/3/31 موسی خیابانی نفر دوم منافقین و اشرف ربیعی همسر مسعود رجوی در حال فرار از یک خانه تیمی در شمال تهران، طی یک درگیری به هلاکت رسیدند (منافقین از این روز به نام عاشورای مجاهدین یاد می­کنند. اشرف ربیعی قبل از انقلاب مدتی زندانی بود و در سال 1358 با مسعود رجوی ازدواج نمود و در هنگام مرگ دارای کودکی 5/1 ساله بود).

در حقیقت گروهک منافقین با شروع فاز نظامی و با راهبرد سرنگونی ضربتی نظام ج.ا.ا دچار توهم دیگری گردید و با از دست دادن عده زیادی از هوادارانش که دستگیر شدند و یا به هلاکت رسیدند و با قرار دادن سایر نیروهایش در شرایطی مخفی عملاً سنگین­ترین ضربه را متحمل گردید.

پس از عزل بنی‌صدر در خردادماه سال 1360 ماهیت ضدانقلابی منافقین برای مردم ایران کاملاً مشخص گردید و لذا نیروهای مؤمن به انقلاب در همه شهرستان­ها، عناصر منافقین را قلع و قم نموده و تعداد 800 نفر از آنان در تاریخ 31 شهریور سال 1360 توسط امت حزب­الله و نیروهای وفادار به انقلاب اسلامی ایران دستگیر شدند و مابقی افراد گروهک فوق، یا فعالیت‌های سیاسی را رها نموده یا به کردستان متواری و با کمک و یاری حزب منحله دموکرات علیه نیروهای دولتی وارد جنگ شدند.

بعد از تحولات فوق، تعدادی از سران نفاق به تدریج تحت عنوان خط خروج از کشور از طریق مرز زمینی به خارج گریختند، به طوری که در هفتم مرداد 1360 مسعود رجوی و ابوالحسن بنی‌صدر و جمعی از افراد وابسته به آنان با تغییر قیافه با هواپیمایی که هدایت آن را خلبان شاه معدوم (سرهنگ معزی) بر عهده داشت، از پایگاه یکم شکاری تهران به فرانسه گریخته و از آن کشور درخواست پناهندگی سیاسی نمودند.

در فرانسه مسعود رجوی برای پیوند بیشتر با بنی‌صدر در شورای ملی مقاومت، با فیروزه دختر بنی‌صدر که تربیت یافته و بزرگ شده فرانسه بود (در سال 61) ازدواج نمود که بعد از مدت کوتاهی به دنبال بروز اختلافاتی میان بنی‌صدر و رجوی ـ سرکرده منافقین ـ او را طلاق داد.

در مورخه 60/4/30 در تهران، مسعود رجوی که مخفی شده بود، تشکیل شورای ملی مقاومت را اعلام نمود و ابوالحسن بنی‌صدر رئیس جمهور معزول که به صورت آلت دست منافقین و ضدانقلابیون درآمده بود، طی توافقی با مسعود رجوی وی را نخست وزیر و مسئول تشکیل شورای ملی مقاومت معرفی نمود.

در مهرماه سال 1360 بنی‌صدر و رجوی تأسیس دولت موقت به اصطلاح جمهوری دموکراتیک اسلامی ایران در تبعید را در فرانسه به ریاست جمهوری بنی‌صدر و نخست وزیری رجوی اعلام نمودند. نخستین اجلاس این جمهوری خودخوانده در اسفندماه سال 1360 و با شرکت بنی‌صدر و رجوی و نماینده جنبش انقلاب زحمتکشان گیلان و مازندران و دبیر کل حزب منحله دموکرات کردستان ایران در پاریس برگزار گردید.

در پاریس شورای ملی مقاومت برنامه خود را اعلام کرد، ولیکن مورد استقبال چندانی از طرف مخالفان ج.ا.ا قرار نگرفت، به طوری که در حال حاضر، هرگاه نامی از شورای ملی مقاومت برده می‌شود، هرچند که سران نفاق در گفتگوها و مصاحبه­ های خود شورای‌ ملی مقاومت را ائتلافی از سازمان­های سیاسی و شخصیت­های مخالف ج.ا.ا معرفی می‌‌نماید، لیکن بلافاصله، نام منافقین در ذهن‌ها تداعی می‌گردد.