سازمان مجاهدین خلق (منافقین) سازمان به اصطلاح مجاهدین خلق ایران در شهریور ماه 1344 به وسیله محمد حنیف نژاد، سعید محسن و علی اصغر بدیع زادگان،در ظاهر به عنوان یک سازمان اسلامی ـ انقلابی به منظور مقابله با رژیم سلطنتی و تلاش در جهت سرنگونی آن تأسیس شد. بعدها با پیوستن برادران رضایی و تعداد دیگری از دوستان و بستگان افراد ذکر شده شروع به فعالیت سیاسی علیه حکومت پهلوی نمود (محمد حنیف نژاد بنیانگذار سازمان مجاهدین خلق ایران در سال 1317 در تبریز متولد شده، وی مهندس کشاورزی بوده و در زندان با مرحوم طالقانی آشنا گردیده است). فعالیت سازمان تازه تشکیل یافته مجاهدین در ابتدا به صورت مخفیانه آغاز گردید، طوری که هیچکس از وجود چنین سازمانی اطلاع نداشت و فعالیتهای آن صرفا در زمینه امور سیاسی، مطالعه سایر مکاتب، بررسی تاریخ ایران و اسلام بود، تا به زعم خود قادر باشند با برداشتی نو و دموکراتیک از اسلام، ایدئولوژی خود را که ظاهرا مبتنی بر اسلام قرار داده بودند به عنوان مکتبی که بتواند پاسخگوی معضلات آن روز ایران در زمینه های گوناگون،اعم از سیاسی، اقتصادی، اجتماعی، فرهنگی و… باشد عرضه نمایند. بنیانگذاران سازمان مجاهدین با توجه به اختناق شدیدی که در آن ایام بر جامعه ایران حاکم بود و هرگونه نغمه مخالفی شدیدا سرکوب می شد،در تحلیل های خود به این نتیجه رسیده بودند که برقراری دمکراسی در ایران و سرنگونی رژیم ستم شاهی تنها از طریق یک مبارزه سیاسی مسالمت آمیز امکانپذیر نمیباشد و چاره را در مبارزه مسلحانه می دیدند و خود را به تدریج آماده مبارزه رودر روی نظامی با رژیم شاه می نمودند.

در سال 1350 قبل از اینکه مجاهدین وارد هرگونه عملیات نظامی گردند، کلیه رهبران و بسیاری از اعضای آن سازمان توسط ساواک شاه دستگیر و زندانی گردیدند. در مورخه 54/2/4 و در آستانه ورود نیکسون به ایران سه نفر، از بنیانگذاران سازمان و دو تن دیگر از اعضای دفتر مرکزی و تعدادی از اعضای سازمان مذکور (به جز رجوی و موسی خیابانی که با ساواک همکاری نمودند) اعدام گردیدند. در پی دستگیری و اعدام بنیانگذاران و اعضای دفتر مرکزی مجاهدین، یک سری اختلافات عمده بین اعضای باقیمانده در زمینه به دست گرفتن قدرت که عمدتا ریشه در طرز تفکر و ایدئولوژی آنان داشت بروز کرد. در همین رابطه گروهی که در سال 1356 سازمان پیکار را تشکیل دادند، به رهبری تقی شهرام و بهرام آرام عده ای دیگر از مسئولین و اعضای باقیمانده سازمان مجاهدین خلق را که بر مواضع ایدئولوژیکی خود مبتنی بر اسلام اصرار می ورزیدند، از جمله مجید شریف واقفی و محمود یقینی را در خارج از زندان به قتل رسانده و عده دیگری همانند مرتضی صمدیه لباف و مرتضی لباف نژاد را به حال خود رها و به آنان خیانت نموده که در نهایت توسط رژیم شاه دستگیر و اعدام گردیدند )جناح چپ و تندروی سازمان پس از ترور شریف واقفی، جسد ویرا در بیابانهای مسگرآباد تهران سوزاندند). بدین ترتیب از سال 1354 به بعد سازمان گرایش بیشتری به سوی مارکسیسم پیدا کرد، به طوری که اکثریت این گروه اعالم نمودند، ایدئولوژی این سازمان به مارکسیست ارتقا یافته است. در همین ایام یک کتاب جیبی شامل 700 صفحه تحت عنوان بیانیه تغییر ایدئولوژی سازمان مجاهدین خلق، بخش مارکسیست ـ لنینیست چاپ شد و در اختیار اعضای باقیمانده رده بالای تشکیلات جهت مطالعه قرار گرفت. در کتاب مذکور بحث مفصلی در مورد علت تغییر مواضع ایدئولوژیک و ساختار زیربنای تفکر جدید و علت تصفیه های درون گروهی درج گردیده بود. طاهره باقرزاده یکی از اعضای سابق مجاهدین در کتاب «قدرت و دیگر هیچ» تجربه خود در آن دوران را در بخشی از کتاب مذکور چنین عنوان می نماید: «بعد از تغییر ایدئولوژی سازمان و به قدرت رسیدن سران فعلی، عشق و علاقه وافر من به کار سیاسی که هدف آن ظاهرا جهاد در راه خدا برای ساختن جامعه سالم، ترویج فرهنگ اصیل نشأت گرفته از فرهنگ غنی اسلام، حفظ ارزشها و اعتقادات اسالمی، پیاده کردن احکام اسالم، آن هم اسلامی انسان ساز که قادر است حکومت را در همه ابعاد زندگی اداره کند، همه و همه در چهارچوب سازمان که کعبه آمالم محسوب میشد، به یک سراب تبدیل گردید.« تغییر مواضع ایدئولوژیکی سازمان و عدول اعضای رده بالای تشکیلات از اصول اولیه و به تمسخر گرفتن اعتقادات اسالمی و بینش مذهبی از جانب آنان، هرگز به طور صادقانه برای نیروهای رده پایین تر و هواداران، از بیم بریده شدن و فاصله گرفتن آنان از سازمان شکافته نشد و در همین رابطه، پرده پوشی و توجیهات عوام فریبانه بسیاری، از ناحیه نیروهای کادر صورت گرفت. رژیم شاه با اطلاع از تغییر مواضع ایدئولوژی سران سازمان و به منظور منزوی نمودن اعضاء باقیمانده در اذهان عمومی کرارا ، در تبلیغات خود از آنان به نام مار کسیست های اسلامی نام می برد.

در همین دوران، توسط مسئولین سازمان به خاطر سرپوش گذاشتن بر روی تضادهای درونی سازمان و حفظ روحیه انقالبی و ستیزه جویی با رژیم شاه، ترور سرتیپ رضا زندیپور رئیس زندان کمیته مشترک شهربانی و ساواک در 26 اسفند 53 و سرهنگهای امریکایی (سرهنگ ترنر، سرهنگ شیفر) در 31 اردیبهشت صورت گرفت. مسئولین فعلی گروهک منافقین در اوایل پیروزی انقلاب، از عملیات فوق به نیکی نامبرده و آنان خصوصا ترور مستشاران امریکایی را از افتخارات خود میدانستند، لیکن با گذشت زمان و به خصوص پس از انتشار بیانیه مورخه 73/7/12 وزارت امور خارجه امریکا علیه منافقین، دیگر به اقدامات فوق مباهات نمی ورزیدند، بلکه اعلام داشتند عملیات مذکور توسط شاخه ای از سازمان صورت گرفته که بعدها (در سال 56) سازمان پیکار را تشکیل دادهاند و رهبران فعلی منافقین با آن موافق نبوده اند. در اواخر دهه 50 شاه تحت فشارهای بین المللی مجبور به آزادی سیاسی شماری از زندانیان سیاسی گردید و به دنبال اوج گرفتن مبارزات علنی مردم با رژیم شاه به رهبری امام خمینی(ره) و یک هفته پس از فرار شاه در مورخه 57/11/2 تعداد 162 تن از زندانیان سیاسی از جمله مسعود رجوی و موسی خیابانی از زندان آزاد گردیدند.