پس از انجام عملیات بدر، شکل جدیدی در سازماندهی نیروها به اجرا در آمد و از سال1364 نیروهای ارتش و سپاه هر کدام به صورت مستقل نسبت به طراحی و اجرای عملیات اقدام نمودند .
اکنون این سئوال مطرح است، روش قبلی یعنی هدایت جنگ به طور مشترک و با دو فرماندهی، روشی که در گذشته در هیچ جنگی دیده نشده است چه مشکل و نارسائی داشته است که باید در این مقطع حساس و در نیمه راه کسب پیروزی قطعی بر خصم زبون، مورد دگرگونی و تغییری اساسی قرار گیرد.
مگرنه اینکه پیروزی‌های افتخارآفرینی همچون فتح‌المبین و بیت‌المقدس و… در سایه ترکیب مقدس نیروها در میدان عمل رخ داده است؟ اکنون چه شده است که دیگر این ترکیب مقدس جوابگوی نیاز جبهه را فراهم نمی‌کند و ادامه جنگ با دو فرماندهی مجزا مورد ایراد است؟ و یا آن‌چه در گذشته اتفاق افتاده است موردی و تحت شرائط ویژه بوده است؟ یا اینکه در اخلاص و روش فرماندهان شک و تردید ایجاد ‌شده است؟
بدون تردید هیچ‌گونه نظرمنفی درمورد اخلاص و احوال شخصی و اهداف فرماندهان ارشد و اداره‌کنندگان جنگ مطرح نیست و منیت و خودخواهی و قدرت طلبی را نمی‌توان به آنان نسبت داد و خوشبختانه بستر چنین افکار نادرستی در مجموعه‌ای که اصول حاکمیت دارد وجود ندارد. عدم رعایت اصل وحدت فرماندهی و تبعات منفی آن را می‌توان به طور گسترده از زبان و قلم اظهارنظر کنندگان درباره جبهه و جنگ شنید به عنوان نمونه، در کتاب تاریخ جنگ تحمیلی عراق علیه ایران به قلم سرهنگ سید یعقوب حسینی آمده است:
“این مسائل موضعی و محلی، سبب بروز مشکلاتی در سیستم فرماندهی می‌گردید به طور کلی هماهنگی و وحدت فرماندهی بین قرارگاه‌های هدایت کننده را مختل می‌ساخت و شکاف بین سیستم فرماندهی را عمیـق‌تر می‌کرد و قرار گاه‌های رده بالاتر ارتش و سپاه نیز که در رأس ارتش ستاد‌ مشترک بود، توانائی بر طرف کردن ناهماهنگی‌ها را نداشته و فقط به مکاتبه اکتفا می‌کردند، چنانکه در 25 مرداد ماه 1364 ستاد مشترک طی نامه‌ای از نیروی زمینی در خواست کرد میزان هماهنگی بین ارتش و سپاه را به ستاد اعلام کند و…”
معطل ماندن اصل وحدت فرماندهی و ناهماهنگی بین نیروها در بسیاری از موارد سبب بروز اختلاف‌نظر، نامه‌نگاری غیر اصولی، به خطر افتادن امنیت خطوط دفاعی، به تعویق افتادن و حتی عدم اجرای عملیات‌های طراحی شده می‌گردید، چنانکه در همان مدرک در پیش گفته شده می‌خوانیم:
در هر صورت مسئولین نظام مقدس جمهوری اسلامی ایران برای رفع این معضل (خلل در وحدت فرماندهی) و ضرورت و لزوم بکارگیری تمامی امکانات ملی از جمله نیروی انسانی و تمامی ن.م تصمیم گرفتند وحدت را در عالیترین سطح فرماندهی یا سرفرماندهی کل جنگ حل کنند. بدین ترتیب آیت‌الله هاشمی رفسنجانی به عنوان فرمانده جنگ وارد عمل شدند و قرارگاه خاتم‌الانبیاء به عنوان ستاد ایشان مأموریت هماهنگی نیروها را به عهده داشت.
مسئله رهائی یگان‌های سپاه سبب اختلاف نظر بین نیروی زمینی ارتش و سپاه پاسداران شد و بالاخره قرارگاه مرکزی سپاه پاسداران برای حل این مشکل به آقای هاشمی رفسنجانی که فرماندهی قرارگاه خاتم‌الانبیاء(ص) را برعهده داشت متوسل گردید. در 26 شهریور ماه 1364 طی نامه‌ای از ایشان درخواست کرد به نیروی زمینی دستور دهد لشکر نصر سپاه را که در منطقه «کانی شیخ» مستقر بود تعویض و آن را رها سازد.
از طرف آقای هاشمی رفسنجانی به‌ این منظور نامه‌ای به نیروی زمینی نوشته شد. ولی چنین بنظر می‌رسد کـه فـرمانده نیروی زمینی مشکلات آن نیرو را حضوراً به‌اطلاع آقای رفسنجانی رسانید و در تاریخ اول مهرماه به‌سپاه پاسداران پاسخ داد که با توجه به مذاکره حضوری با حضرت حجت السلام رفسنجانی، نیروی زمینی ارتش فعلاً از رها کردن لشکر نصر و تحویل گرفتن مسئولیت پدافندی خط اُحُد معذور است.
و خطاب به نیروی زمینی، ارتش اعلام می‌کند:
در اجرای دستور حجت الاسلام رفسنجانی، لازم است نیروی زمینی ارتش خط پدافندی (احد) را تحویل بگیرد، به علت نیاز مبرم به یگان‌ها، سپاه این خط را به‌ هر حال در 25 آبان ماه تخلیه خواهد کرد و در این رابطه هیچ مسئولیتی را متقبل نخواهد شد. فرماندهی نیروی زمینی در20 آبان ماه به نامه سپاه پاسخ می دهد: امکان اجرای دستور را ندارد.
با کمال تأسف، از بررسی مدارک در دسترس چنین بر می‌آید که جابه‌جایی یگان‌های سپاه و ارتش که نمونه آورده شده یکی از آنها بود تا اوائل 1364 طول کشید.

2ـ ادغام نیروها:
با وجود اینکه تجربه، ادغام، ترکیب و هماهنگی نیروهای، سپاه پاسداران و نیروی زمینی در مقاطعی از جنگ اعجاز آفرین و کار ساز بوده و نتیجه غیر قابل انکاری داشته است اما رویدادهای بعدی به روشنی نشان می‌دهد که این اقدام، موردی، شکننده و غیر قابل اعتماد و تحت شرائط ویژه انجام گرفته و چون هیچ گونه ارتباط تدوین شده ای بین دو نیرو وجود نداشت و نیروهای ادغامی در سلسله مراتب فرماندهی همدیگر قرار نداشتند.به طور لزوم مسائل، مشکلات و تصمیم‌گیری‌های نهایی با دخالت افراد ذی نفوذ و در پاره‌ای اوقات با وساطت کسانی خارج از سیستم و بـه صورت کـدخدا منشی حل و فصل می‌گردید کـه البته چنین روش‌هایـی در نظام مدیریتی دنیای امروز، آن هـم در رأس هرم و در شرایط بحران کـه دقایق و ثانیـه‌ها در تصمیم‌گیری سرنوشت‌ساز است نه تنها جایگاه مطلوبی ندارد، بلکه تردید و عدم قاطعیت در نظام تصمیم گیری و طولانی شدن خط تصمیم‌گیری، می‌تواند فاجعه آفرین باشد.
بنابراین بسط و توسعه روش هدایت نیروهای رزمی با دو فرماندهی مستقل و در سازمان‌های دولتی با دو مدیریت به عنوان یک الگو و روش امکان‌پذیر نیست و در میدان عمل مردود شمرده شده است. درک و باور این نتیجه‌گیری دور از انتظار نیست. زیرا صرف نظر از هر مسئله جانبی دیگر، از دید اقتصادی حذف سازمان‌های موازی به عنوان یک راهکار مناسب شناخته شده از وظائف اولیه برنامه‌ریزان در سطح جامعه می‌باشد و رعایت این اصل، بویژه در کشور ما که مجبوریم پول کمتری در امور دفاعی هزینه کنیم باید به طور جدی مورد توجه دست‌اندر کاران امور دفاعی و امنیتی قرار گیرد.