مأموریت بیمارستان ۵۷۶ شیراز در جنگ ایران و عراق، پذیرش و درمان بیماران و مجروحین اعزامی از یگانهای مختلف نزاجا (نیروی زمینی ارتش جمهوری اسلامی ایران) و بازگرداندن آنها پس از بهبودی به یگانهای مربوطه بود (مقدس برهان، ۲۱).  البته لازم به ذکر است که در دوران دفاع مقدس، مجروحان دیگر یگانهای نظامی نیز در این بیمارستان مورد مداوا و بستری قرار گرفته اند.

با آغاز تهاجم سراسری ارتش عراق به خاک ایران در ۳۱ شهریور ،۱۳۵۹ بسیاری از گروهانها و گردانهای بهداری یگانهای رزمی نیروی زمینی ارتش به صورت مأموریت سازمانی به مناطق عملیاتی جنوب و غرب کشور اعزام شدند و مسئولیت مداوا و تخلیه مجروحان جنگی را بر عهده گرفتند. علاوه بر آن، بسیاری از کادر بیمارستانهای تابعه اداره بهداری نزاجا، از جمله بیمارستان ۵۷۶ منطقه ای شیراز، متقاضی اعزام داوطلبانه به بیمارستانها ی استان های مرزی در مناطق درگیر بودند (نامجوی نیک، ۱۳8۹). برابر آمار و اطلاعات موجود، تعدادی از افسران پزشک که از طرف بیمارستان ۵۷۶ منطقه ای شیراز در طول جنگ، برابر امریه اداره بهداری نزاجا به مناطق عملیاتی اعزام شدند. (رامین نژاد، ۱۳۹۶)

علاوه بر این، از تیرماه سال ،۱۳۶۲ بیمارستان ۵۷۶ منطقه ای شیراز اقدام به اعزام کارکنان بهیار و تکنیسین پایور به بیمارستان های صحرایی و یگانهای عملیاتی کرد؛ به طوریکه سه بهیار پایور این بیمارستان از ۲۳ مهر ۱۳۶۲ به قرارگاه عملیاتی نجف اشرف در جبهه شمال غرب اعزام شدند (رامین نژاد، :۱۳۹۶: ۱۵۲۶-۱۶۱۱). همچنین، از اول فروردین ماه ۱۳۶۳ تا تیرماه ، ۱۳۶۵ تعداد ۳۲ نفر از پرسنل کادر بیمارستان ۵۷۶ شیراز شامل بهیار، تکنیسین رادیولوژی، بیهوشی، خون، آزمایشگاه و تکنیسین دندانپزشکی به سایر بیمارستانها در مناطق عملیاتی، از جمله بیمارستان صحرایی ۵۲8 سومار در استان کرمانشاه، بیمارستان صحرایی کولان در مریوان، بیمارستان صحرایی جفیر(واقع در استان خوزستان)، بیمارستان شیمیایی(ش.م.ه) شهید باکری در ارومیه، بیمارستان صحرایی حسینیه در خرمشهر، بیمارستان شهید مخبری در چنانه (واقع در شهرستان شوش استان خوزستان) بیمارستان منطقه ای ۵۷8 اهواز، بیمارستان منطقه ای دزفول، بیمارستان ۵۷۷ منطقه ای اصفهان و… اعزام شدند و تا پایان جنگ در این مراکز خدمت کردند (نامجوی نیک، :۱۳8۹ ۱۳8-۱۴۰). تعدادی از درجه داران و سربازان وظیفه تکنیسین پزشکی بیمارستان ۵۷۶ شیراز نیز به واحدهای درمانی یگان های عملیاتی، بیمارستان های منطقه ای استان مرزی و بیمارستان های صحرایی اعزام شدند (اسناد اداره بهداری نزاجا).

تخلیه اکثر مجروحین اعزامی از جبهه های جنگ به دلیل فاصله طولانی بیمارستان ۵۷۶ منطقه ای شیراز با مناطق درگیر جنگ، از طریق خطوط هوایی صورت می گرفت.  بیمارستان ۵۷۶ منطقه ای شیراز پس از پذیرش مجروحین و درمان آنان، وضعیت درمان و همچنین ترخیص آنان را طی نامه ای به یگان های مربوطه گزارش میکرد (نامجوی نیک، ۱۳8۹).

بیمارستان ۵۷۶ منطقه ای شیراز علاوه بر مجروحان ارتشی، در مناطق عملیاتی و پشت جبهه، مجروحان رزمنده بسیجی، سپاهی و همچنین، مجروحان غیرنظامی را که از طریق ستادها ی انتقال مجروحین کشور به این بیمارستان ها منتقل می شدند، پذیرش و مداوا میکرد(همان، ۱۳۹۶: ۳۰۳).

مجروحان جنگ، از طریق ستادهای تخلیه مجروح، از بیمارستان های صحرایی و منطقه ای جنوب و جنوب غرب کشور، به بیمارستان های پشت جبهه، از شیراز تا اصفهان، تبریز، همدان، تهران و مشهد تخلیه و برای ادامه مداوا بستری می شدند (رامین نژاد، ۱۳۹۶ : ۲8۳). دکتر علیرضا مرندی (وزیر بهداشت در دوران دفاع مقدس) گفت: همیشه امکان انتقال مجروحان به شهرهای نزدیک نبود، چون در این شهرها امکانات فوق العاده محدود بود و متخصصان هم کم بودند. بنابراین، اغلب مجبور بودیم مجروحان را به شهرهای بزرگ مثل تهران، اصفهان و شیراز منتقل کنیم.(همان: ۴۱۰)

با تشکیل ستاد رسیدگی به وضع مصدومین و مجروحین جنگ مستقر در وزارت بهداری، همکاری بیمارستان های غیر ارتشی با بیمارستان های نظامی، از جمله بیمارستان ۵۷۶ منطقه ای شیراز در استان فارس، برای استفاده از امکانات آن بیمارستان ها و پذیرش بیماران افزایش یافت. بر این اساس، مجروحین جنگ در سایر بیمارستان های شیراز پذیرش شدند.

با تجهیز نیروی هوایی ارتش عراق و توسعه دامنه حملات هوایی به شهرها، از سال ،۱۳۶۳ استان فارس مورد تهاجم هوایی عراق قرار گرفت و این وضعیت، به تدریج شدت گرفت. در تاریخ ، 09/10/1363 عراق با استفاده از یک فروند هواپیمای میگ،۲۵ تهاجم به حریم فضایی ایران را تا فراز شهر شیراز و مرودشت گسترش میدهد (غالمی، :۱۳۹8 ۳۳۳). در تاریخ ،19/12/1363 ساعت۱۹:۳۵یکبار دیگردشمن با هواپیمای میگ۲۵ به فضای کشورمان یورش میبرد و این بار، شهرهای تبریز و شیراز را بمباران میکند. در شیراز، محلی در نزدیکی پل آذر مورد اصابت قرار میگیرد (همان: ۳۵۰). درتاریخ مجددا ،08/01/1364در ساعت ۲۰:۰۵ کوی آزادگان شیراز توسط هواپیماهای میگ۲۵ عراقی بمباران میشود (همان: ۳۷۰). در تاریخ ،20/07/1365در ساعت ۱۴:۰۵ پالایشگاه شیراز مورد اصابت راکتهای هواپیماهای دشمن قرار میگیرد (همان: ۴۹8). در تاریخ ،23/07/1365  فرودگاه و پایگاه هوایی شیراز توسط ۳ فروند هواپیمای مهاجم از ارتفاع پایین بمباران میشود،که خسارتهایی به بار میآورد (همان: ۵۰۰). در تاریخ ،05/09/1365 در ساعت ۱8:۳۰ پالایشگاه شیراز غافلگیرانه مورد حمله هواپیماهای عراق قرار میگیرد، که هیچگونه خسارتی گزارش نمیشود (همان: ۵۱۱). این حمله ها نمونه هایی از حملات صورت گرفته به شهر شیراز از سال ۱۳۶۳ به بعد است که در سالهای بعد نیز ادامه مییابد.

توسعه دامنه حملات هوایی ارتش عراق به شهر شیراز در وضعیتی صورت میگرفت که بیمارستان ۵۷۶ منطقه ای شیراز فاقد تجهیزات درمانی مناسب و پناهگاه امن در راستای حفاظت از پرسنل و بیماران بود (خدمات بهداری نزاجا در دفاع مقدس، ۲۳۷8). از این رو نیروی زمینی ارتش، تأسیسات باغ عفیف آباد شیراز را برای درمان مجروحین اعزامی از مناطق جنگ به مسئوالن بیمارستان ۵۷۶ منطقه ای شیراز پیشنهاد داد، که این امر به دلیل سکونت آوارگان جنگی در آن میسر نبود (همان: ۲۴۵۴)